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我國科研人員開發出首款茶樹高密度SNP芯片

來源:IT之家 2021-12-21 14:25中投網 A-A+

  近日,中國農業科學院茶葉研究所茶樹遺傳育種團隊基于“龍井 43”基因組參考序列和茶樹重測序數據,開發出一款 200K 茶樹 SNP 芯片。相關研究成果在《植物生物技術雜志(Plant Biotechnology Journal)》上發表。

  該芯片是首款茶樹高密度 SNP 芯片,以“龍井 43”(雌性)和“白毫早”(雄性)F1 群體為材料,該芯片能夠將 18226 個 SNP 位點繪入圖譜,獲得 5325 個 bin-marker,連鎖圖譜總長度為 2107.01 厘摩,相鄰標記平均遺傳圖距為 0.39 厘摩,構建了目前遺傳密度最高的連鎖圖譜。

  實驗驗證表明,該芯片可以有效定位關鍵 QTL 位點,發掘茶樹重要功能基因。利用其對不同茶樹品種的 SNP 分型研究,發現茶樹大葉種和小葉種之間的兩個強選擇位點,對揭示茶樹品質調控關鍵基因和兩個變種間的進化關系具有重要意義。

  IT之家獲悉,該研究得到國家重點研發項目、中國農科院科技創新工程、國家自然科學基金等項目的支持。

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